Todo Shinobi tem um nível de graduação pelo qual é possível se avaliar a força e a habilidade que ele possui, existindo claro algumas poucas exceções. São vários os níveis shinobis existentes, abaixo conheceremos alguns deles:
Gennin
Shinobi já graduado na academia ninja. A maioria dos gennins utiliza técnicas básicas, grande parte delas aprendidas na academia, mais é valido lembrar que alguns Gennins, desenvolvem técnicas próprias, ou caso tenham, técnicas de sua linhagem sangüínea avançada. Normalmente são formados grupos de três Gennins para serem treinados por um Jounnin. Eles recebem missões muitos fáceis e "chatas", como andar com os cachorros de um homem rico ou procurar um gato, resgatar um animal que fugiu, ou ajudar pessoas a colher e plantar. Apenas depois de um bom tempo, os gennins começam a aplicar suas habilidade em missões mais complicadas, missões de nível D são as iniciais deles .
Chunnin
Depois de participar do exame Chunnin (Chunnin Shiken), o Gennin é julgado por sua força e inteligência pelos Kage's e superiores presentes dentre os juizes. Eles agora são qualificados para liderar um grupo de Gennins durante missões extracurriculares, como por exemplo, quando o vilarejo é atacado. Eles podem ser mandados em missões sozinhos ou em grupo. Eles normalmente viajam em grupos de quatro nas missões.
* Requer o nível 30.
* Também é necessário participar do exame chunnin e mostrar que teve uma boa luta para se graduar
Jounnin
Chunnins que possuem uma inteligência e uma força extraordinária são promovidos para Jounnins. Este é um nível ninja muito alto, todos os Jounnins são enviados para missões mais difíceis do que as dos Chunnins, normalmente envolvendo assassinatos e infiltrações, como as missões de nível B. Alguns Jounnins possuem uma força incalculável e algumas habilidades completamente desconhecidas. Além disso, Jounnins são maduros o suficiente para treinar grupos de três Gennis e acompanhá-los em missões.
* Requer o nível 50 .
Jounnin Especial
Todo Jounnin Especial tem alguma habilidade fora do comum em alguma área específica.
Requer Nível 60
Anbu
A Elite Especial Shinobi. Todos os shinobis existentes na ANBU são Jounnins Especiais e além de tudo, tem um altíssimo poder. Os Shinobis ANBU são normalmente enviados para capturas, assassinatos especiais, investigações secretas e sempre tem participações nas guerras. Os shinobis ANBU utilizam máscaras que acreditam estarem relacionadas à personalidade do usuário.
* Requer o nível 75 .
* O user ganha uma Katana e uma mascara
Sannin
Fortes candidatos ao cargo de Kage, são considerados "Ninjas Lendários" e que decidiram viver fora de suas respectivas vilas por razões pessoais, porém não são considerados Ninjas-Rejeitados, pois mantém o contato com suas vilas. São pessoas de incalculável poder e muita sabedoria. A força de um Sannin chega até a ser comparada com a de um Kage.
* Requer nível 100 ou superior .
* O user não precisa mais ficar na vila , caso queira , pode virar viajante .
Kage/Líder
O mais poderoso Shinobi de um vilarejo/organização. Seu poder só pode ser comparado ao de outro Kage (de outra vila). Sua finalidade é administrar toda vila/organização, incluindo os shinobis dela, as missões e seus moradores. Caso haja uma guerra, se necessário, o Kage/líder será capaz da dar sua vida pelo seu vilarejo/lugar.
* O Primeiro de cada vila ou organização ganha esse titulo , após isso , caso ele morra ou queira suceder a alguém , ele passa para a pessoa mais forte do lugar atualmente .
Nukennin
Ninjas que abandonaram por motivos pessoais ou traíram o seu vilarejo. Por isso, eles são marcados para serem mortos pelos Oinins (Caçadores Ninjas), que caçam sua presa (Ninjas Fugitivos) e sempre tentam cumprir seu objetivo.
* Ao conseguir esse Rank , sua pontuação é a mesma forma de como se estivesse numa vila ainda .